La Secretaría Académica es la unidad estratégica de la Universidad Autónoma del Estado de Morelos (UAEM) que coordina las actividades orientadas hacia la formación de recursos humanos de alto nivel, así como hacia la generación, comunicación y transferencia de conocimientos (I+D+i), y la vinculación de la UAEM con los sectores públicos y privados. Todo ello, dentro de un marco de pertinencia y responsabilidad social.

Esta secretaría está integrada por seis direcciones: Desarrollo de la Investigación, Transferencia del Conocimiento, Vinculación Académica, Estudios Superiores, Publicaciones de Investigación, y Cooperación Académica.